En 1093, Malcolm III défendait l’Ecosse contre Guillaume le Roux, fils de Guillaume le Conquérant, quand, le 13 novembre, à Alnwick (Northumberland), il fut tué au combat, avec son fils aîné, comme la reine en eut le pressentiment.
« Le jour même de la mort du monarque, la reine apparaît triste et pensive. Elle confie à ses suivantes : Aujourd'hui, ce 13 novembre, peut-être l'Ecosse est-elle frappée d'un malheur si grand qu'elle n'en éprouva pas de semblable depuis de longues années. Le quatrième jour, lors d'une accalmie de santé car elle est malade depuis six mois, la souveraine se fait porter dans son oratoire. De retour en ses appartements, la fièvre qui redouble et les douleurs qui augmentent, l'obligent à s'aliter. Les chapelains recommandent son âme à Dieu. Elle envoie chercher une croix. Marguerite embrasse délicatement le crucifix et forme à plusieurs reprises, sur elle-même, le signe sacré du salut. Ensuite, serrant la croix entre ses mains, la pieuse reine y fixe don regard et récite le Miserere... Sur ce, arrive du front son fils Edouard qui croit prudent d'énoncer la pieuse restriction mentale : Malcolm se porte bien ! La reine réplique doucement : Certes, il se porte si bien que je vais vite le rejoindre là-haut. Et puis, tous les assistants, émus jusqu'aux larmes, écoutent la dernière prière de la moribonde : Dieu tout-puissant, merci de m'avoir envoyé si grande peine, à la fin de ma vie. Puisse-t-elle, avec votre miséricorde, me purifier de mes péchés ! Seigneur Jésus qui, par votre mort, avez donné la vie au monde, délivrez-moi du mal !
« Il y avait dans sa mort tant de tranquillité, tant de paix, qu’on ne saurait douter que son âme ait été admise dans le séjour de l’éternelle tranquillité, de la paix éternelle. Chose prodigieuse ! son visage sur lequel la mort avait mis sa pâleur habituelle, reçut, après la mort même, une teinte si pure et si parfaite de rose et de blanc, qu’on eût pas dit que la reine était décédée, mais qu’elle dormait. »