Alors que les moralistes laxistes et jansénistes, par leurs exagérations en faveur du probabilisme ou contre lui, avaient contribué à faire perdre jusqu’au sens moral à la classe la plus cultivée et la plus aisée, les Ordres religieux, dans le royaume de Naples, s’étaient comme repliés sur eux-mêmes, attentifs à conserver leur patrimoine et à défendre contre l’État, les évêques et les barons, leurs immunités et leurs exemptions. Quant à la Cour, elle regardait l’Église comme ayant confisqué à son avantage les droits de la couronne ; et, par l’intermédiaire de Tanucci elle préparait déjà un système de lois éversives, pour substituer au pouvoir pontifical le pouvoir royal jusque dans les intimes retraites du sanctuaire. Le clergé du royaume de Naples était nombreux, mais la vocation ecclésiastique était considérée fort souvent comme une simple carrière, assurant au candidat les revenus d’un bénéfice. Il ne faut donc pas s’étonner si, en un tel état de choses, le peuple des campagnes était abandonné à lui-même, plongé dans l’ignorance et dans le vice.
A de si grands maux, saint Alphonse vint enfin apporter remède, revêtu de la triple mission de docteur, d’évêque et de fondateur d’une nouvelle famille religieuse. Comme docteur, il traça la voie moyenne entre les excès des laxistes et ceux des rigoristes ; il popularisa dans ses livres ascétiques la piété catholique, la dévotion à Marie, à Jésus au Saint-Sacrement, à la Passion, et défendit contre les disciples de Tanucci les droits suprêmes de l’Église et du Pape. Pour cela il fut parfois obligé de faire imprimer ses œuvres en cachette et hors du territoire napolitain.
Comme apôtre et évêque, saint Alphonse se proposa d’imiter le Divin Rédempteur dans ses courses évangéliques à travers les villages de la Galilée et de la Judée, et il fonda une congrégation de missionnaires qu’il destina spécialement, non aux cités populeuses, mais aux pauvres paysans et aux montagnards.
Enfin, fondateur d’une nouvelle famille religieuse, le Saint a le mérite d’en avoir adapté les buts aux besoins du temps, et d’avoir mené à bonne fin son édifice spirituel à travers mille contradictions. Au lieu de fonder de nouveaux ordres réguliers, le pouvoir royal voulait alors supprimer les anciens, et allait jusqu’à exiger de Clément XIV la suppression de la Compagnie de Jésus.
Que la congrégation fondée par Alphonse ait pu demeurer pendant un si grand nombre d’années flottant en pleine mer orageuse, ce fut un vrai miracle. Le roi de Naples refusa jusqu’à la fin d’accorder l’exsequatur au décret pontifical d’approbation. Cet état illégal ne pouvait pas ne pas décourager les disciples mêmes du Saint ; aussi plusieurs d’entre eux désertèrent-ils ; les maisons de la Congrégation du Très-Saint-Rédempteur ouvertes dans l’État Pontifical finirent par proclamer un schisme, et exclurent de l’Institut le Fondateur lui-même, avec les maisons du royaume de Naples. Alphonse supporta tout avec sérénité ; il succomba bien au déchirement intérieur, mais confiant en Dieu il comprit quand il mourut (le 1er août 1787) que son sacrifice mettrait fin à l’épreuve. Après la mort de saint Alphonse la scène change : le Fondateur expulsé est élevé sur les autels, et sa congrégation étend ses frontières au delà de l’Italie et de l’Europe.