Jean et Paul étaient frères et Romains. Ayant servi pieusement et fidèlement Constance, fille de Constantin, ils en avaient reçu de grands biens avec lesquels ils nourrissaient les pauvres du Christ. Julien l'apostat les invita à prendre place parmi ses familiers ; mais ils répondirent avec liberté, qu'ils ne voulaient point demeurer chez un homme qui avait abandonné Jésus-Christ. L'empereur leur donna dix jours pour délibérer, leur faisant savoir que si, passé ce terme, ils refusaient de s'attacher à lui et de sacrifier à Jupiter, ils mourraient sans nul doute.
Ce temps fut mis par eux à profit pour distribuer le reste de leur fortune aux pauvres : ainsi devaient-ils s'en aller plus librement au Seigneur ; et le nombre, s'accroîtrait de ceux qui, en retour de leurs aumônes, les recevraient dans les tabernacles éternels. Le dixième jour, Térentianus, préfet des prétoriens, fut envoyé vers eux ; il apportait l'image de Jupiter qu'ils devaient adorer. On leur déclare l'ordre du prince : s'ils ne rendent leur culte à Jupiter, ils mourront. Sans interrompre leur prière, ils répondent qu'ils honorent de cœur et de bouche le Christ comme Dieu, et sont prêts à mourir pour sa foi.
Craignant qu'une exécution publique ne produisît quelque émotion dans le peuple, Térentianus les fit décapiter là même où ils étaient, dans leur propre maison. C'était le six des calendes de juillet. Ayant pris soin qu'on les ensevelit secrètement, le préfet répandit le bruit que Jean et Paul avaient été envoyés en exil. Mais leur mort fut divulguée par les esprits impurs qui tourmentaient les corps d'un grand nombre de personnes, entre lesquelles se trouva le fils même de Térentianus. Agité par le démon, on le conduisit au tombeau des martyrs, où il trouva sa délivrance. Sa conversion fut la suite du miracle, et Térentianus son père également crut au Christ : c'est lui, dit-on même, qui écrivit l'histoire des bienheureux martyrs.
(Bréviaire)
C’est en 398 que le sénateur Pammaque (notamment ami de saint Jérôme) entreprit la construction d’une basilique dédiée aux saints Jean et Paul. Soit 36 ans après le martyre des deux saints en cet endroit même du mont Cælius. Et les historiens de l’impiété, suivis par l’Eglise de ce temps, osent dire que ces saints qui sont cités au canon de la messe romaine n’ont jamais existé…
L’église fut vandalisée par les Wisigoths en 410, endommagée par le tremblement de terre de 442, restaurée par Pascal Ier en 824, mise à sac par les normands en 1084, reconstruite pas Pascal II (avec un campanile), réaménagée en 1715. En 1951, le cardinal Spellman qui en était le titulaire redonna à sa façade son apparence paléochrétienne.