Jeanne-Françoise Frémyot naquit à Dijon, en Bourgogne, le 23 janvier 1572. Son père était Bénigne Frémyot, second président au parlement de cette province, qui avait hérité de ses ancêtres, avec les biens de la noblesse, d'une grande intégrité de mœurs et d'un attachement inviolable à la foi catholique, que plusieurs abandonnaient alors pour donner dans la nouvelle hérésie. Sa mère fut 
Marguerite de Berbisey, de l'ancienne maison de ce nom, dans laquelle, depuis trois cents ans, étaient entrées les premières charges de la province, tant de l'épée que de la robe. Elle n'avait que dix-huit mois quand sa mère mourut ; mais elle fut élevée avec un très grand soin par son père. Notre Sainte conçut, par ses sages instructions, une si grande aversion pour les hérétiques, qu'elle ne pouvait pas même souffrir qu'ils la touchassent. Un jour, à peine âgée de cinq ans, elle s'amusait dans le cabinet de son père, lorsqu'un gentilhomme protestant, qui discutait avec le président Frémyot, nia la présence réelle de Jésus-Christ au Saint-Sacrement de l'autel. Aussitôt la sainte enfant, courant à lui, lui dit : « Il faut croire, Monsieur, que Jésus-Christ est au Saint-Sacrement de l'autel, puisqu'il l'a dit. Si vous ne croyez pas ce qu'il a dit, vous le faites menteur ». Ce seigneur, surpris et charmé de cette liberté, de cette énergie, si rare dans un enfant, lui donna quelques dragées pour se réconcilier avec elle. Jeanne courut aussitôt les jeter au feu en sa présence, et revenant vers lui elle ajouta : « Voyez-vous, Monsieur, voilà comme les hérétiques brûleront dans l'enfer, parce qu'ils ne croient pas ce que Notre Seigneur a dit ». Un autre jour, ce même seigneur discutant encore dans le salon de son père, en faveur du protestantisme, notre Sainte s'approcha de lui et dit : « Si vous aviez donné un démenti au roi, mon père, comme président, vous ferait mourir ; vous en donnerez tant à Jésus-Christ que ces deux présidents (elle lui montrait un grand tableau des Apôtres saint Pierre et saint Paul) vous condamneront ».