Dans sa jeunesse équilibrée, réfléchissant sur la pensée de saint Augustin et de saint Thomas d'Aquin, il traversa une crise profonde qui le conduisit à s'interroger sur son salut éternel et sur la prédestination de Dieu à son égard, vivant avec souffrance comme un véritable drame spirituel les questions théologiques de son époque. Il priait intensément, mais le doute le tourmenta si fort que pendant quelques semaines, il ne réussit presque plus à manger et à dormir. Au comble de l'épreuve, il se rendit dans l'église des dominicains à Paris, ouvrit son cœur et pria ainsi : « Quoi qu'il advienne, Seigneur, toi qui détiens tout entre tes mains, et dont les voies sont justice et vérité ; quoi que tu aies établi à mon égard... ; toi qui es toujours un juge équitable et un Père miséricordieux, je t'aimerai Seigneur (...) je j'aimerai ici, ô mon Dieu, et j'espérerai toujours dans ta miséricorde, et je répéterai toujours tes louanges... O Seigneur Jésus, tu seras toujours mon espérance et mon salut dans la terre des vivants » (I Proc. Canon., vol. I, art. 4). François, âgé de vingt ans, trouva la paix dans la réalité radicale et libératrice de l'amour de Dieu : l'aimer sans rien attendre en retour et placer sa confiance dans l'amour divin ; ne plus demander ce que Dieu fera de moi : moi je l'aime simplement, indépendamment de ce qu'il me donne ou pas. Ainsi, il trouva la paix, et la question de la prédestination - sur laquelle on débattait à cette époque - était résolue, car il ne cherchait pas plus que ce qu'il pouvait avoir de Dieu ; il l'aimait simplement, il s'abandonnait à sa bonté. Et cela sera le secret de sa vie, qui transparaîtra dans son œuvre principale : le Traité de l'amour de Dieu. (…)
Dans une saison d'intense floraison mystique, le Traité de l'amour de Dieu est une véritable somme, en même temps qu'une fascinante œuvre littéraire. Sa description de l'itinéraire vers Dieu part de la reconnaissance de l'« inclination naturelle » (ibid., livre I, chap. XVI), inscrite dans le cœur de l'homme bien qu'il soit pécheur, à aimer Dieu par dessus toute chose. Selon le modèle de la Sainte Ecriture, saint François de Sales parle de l'union entre Dieu et l'homme en développant toute une série d'images de relation interpersonnelle. Son Dieu est père et seigneur, époux et ami, il a des caractéristiques maternelles et de nourrice, il est le soleil dont même la nuit est une mystérieuse révélation. Un tel Dieu attire l'homme à lui avec les liens de l'amour, c'est-à-dire de la vraie liberté : « car l'amour n'a point de forçats ni d'esclaves, [mais] réduit toutes choses à son obéissance avec une force si délicieuse, que comme rien n'est si fort que l'amour, aussi rien n'est si aimable que sa force » (ibid., livre I, chap. VI). Nous trouvons dans le traité de notre saint une méditation profonde sur la volonté humaine et la description de son flux, son passage, sa mort, pour vivre (cf. ibid., livre IX, chap. XIII) dans l'abandon total non seulement à la volonté de Dieu, mais à ce qui Lui plaît, à son « bon plaisir » (cf. ibid., livre IX, chap. I). Au sommet de l'union avec Dieu, outre les ravissements de l'extase contemplative, se place ce reflux de charité concrète, qui se fait attentive à tous les besoins des autres et qu'il appelle « l'extase de l'œuvre et de la vie » (ibid., livre VII, chap. VI).