Au cours du débat sur la présidence française de l’UE, au Parlement européen, le président de la Commission européenne, José Manuel Barroso, s’en est pris lui aussi, comme Nicolas Sarkozy, au président tchèque Vaclav Klaus sur l’affaire des drapeaux. Il a déclaré :
« Si quelqu’un compare l’Union européenne à l’Union soviétique, il démontre qu’il ne comprend pas ce qu’était l’Union soviétique, ce qu’est l’Union européenne et ce qu’est la démocratie. »
Il répondait à ce propos du "disident" Vaclav Klaus :
« Ce que fait le président Sarkozy n’est pas digne de sa fonction. Nous avons longtemps vécu dans un pays où il était obligatoire de hisser certains drapeaux. Nous sommes donc très sensibles à cette question. »