Bien qu’il fût déjà assez âgé - il était proche de 80 ans - il se prépara à une nouvelle mission évangélisatrice : avec une cinquantaine de moines il revint en Frise, où il avait commencé son œuvre. Comme un présage de sa mort imminente, faisant allusion au voyage de la vie, il écrivait à son disciple et successeur sur le siège de Mayence, l’évêque Lullo : « Je désire mener à bien l’objectif de ce voyage ; je ne peux en aucune façon renoncer au désir de partir. Le jour de ma fin est proche et le temps de ma mort s’approche ; une fois déposée ma dépouille mortelle, je monterai vers la récompense éternelle. Mais toi, fils très cher, rappelle sans cesse le peuple de la confusion de l’erreur, mène à bien l’édification de la basilique de Fulda déjà commencée et, en ce lieu, tu déposeras mon corps vieilli par les longues années de vie. » Alors que commençait la célébration de la messe à Dokkum (aujourd’hui dans la Hollande du nord), le 5 juin 754 il fut assailli par une bande de païens. Alors, s’étant avancé, le visage serein, « il interdit à ses hommes de combattre en disant : "Mes fils, cessez les combats, abandonnez la guerre, car le témoignage de l’Écriture nous exhorte à ne pas rendre le mal pour le mal, mais le bien pour le mal. Voilà le jour depuis longtemps désiré, voilà que le temps de notre fin est venu ; courage dans le Seigneur !" » Ce furent ses dernières paroles avant de tomber sous les coups de ses agresseurs. La dépouille mortelle de l’évêque martyr fut ensuite portée dans le monastère de Fulda, où il reçut une digne sépulture. L’un de ses premiers biographes s’exprime déjà sur lui avec le jugement suivant : « Le saint évêque Boniface peut se dire le père de tous les habitants de la Germanie, car il a été le premier à les engendrer au Christ avec la parole de sa sainte prédication, il les a confirmés par l’exemple et, enfin, il a donné sa vie pour eux, un signe de charité qui ne pourrait pas être plus grand. »