Deux ans avant sa mort, ayant commencé un carême en l'honneur de saint Michel sur une montagne très élevée qu'on appelle l'Alverne, il sentit plus abondamment que jamais la douceur de la contemplation céleste, l'ardeur des désirs surnaturels et la profusion des grâces divines. Transporté en Dieu par un désir d'une fougue toute séraphique et transformé, par les élans d'une tendre compassion, en Celui qui, dans son excès d'amour voulut être sacrifié, il priait un matin sur le versant de la montagne. C'était aux environs de l'Exaltation de la sainte Croix. Et voici qu'il vit descendre du haut du ciel comme un séraphin aux six ailes flamboyantes qui, d'un vol très rapide, arriva près de l'endroit où se tenait l'homme de Dieu. Le personnage lui apparut alors non seulement muni d'ailes mais aussi crucifié, les mains et les pieds étendus et attachés à une croix ; quant aux ailes, deux s'élevaient au-dessus de sa tête, deux autres restaient éployées pour le vol, les deux dernières lui voilaient le corps.
Cette apparition plongea François dans une profonde stupeur, tandis qu'en son âme se mêlaient la tristesse et la joie : une joie débordante à la vue du Christ venu se manifester à lui d'une manière aussi miraculeuse que familière, mais en même temps une intense douleur, car la vision de la croix transperçait son âme d'un glaive de douleur et de compassion. Celui qui apparaissait ainsi extérieurement l'éclairait aussi intérieurement, et François comprit : il savait que les souffrances de la Passion ne peuvent en aucune façon atteindre un séraphin qui est un esprit immortel ; mais cette vision lui avait été envoyée pour lui apprendre que ce n'était pas le martyre de son corps, c'était l'amour incendiant son âme qui devait le transformer à la ressemblance de Jésus-Christ crucifié. - Après une conversation familière, mais qui resta secrète, la vision disparut, mais elle lui avait enflammé le cœur d'une ardeur séraphique, et lui avait laissé imprimée en pleine chair la ressemblance extérieure avec le crucifié, comme l'empreinte d'un cachet sur une cire qu'avait d'abord fait fondre la chaleur du feu.
Aussitôt en effet commencèrent à apparaître dans ses mains et dans ses pieds les traces des clous : la tête de ces clous était visible dans la paume des mains et sur le dessus des pieds ; la pointe ressortait de l'autre côté. La tête était ronde et noire ; la pointe, assez allongée, comme rabattue et recourbée, faisait saillie au milieu d'un bourrelet de chairs au-dessus de la peau. Sous les pieds, la pointe tordue des clous était à ce point saillante que non seulement elle lui interdisait d'appuyer la plante des pieds sur le sol, mais qu'on pouvait même facilement passer un doigt de la main dans l'arc de cercle qu'elle formait en se recourbant : j'en ai reçu personnellement le témoignage de ceux qui le virent de leurs propres yeux. Au côté droit, comme entrouvert par une lance, s'étendait une plaie rouge d'où coulait fréquemment et abondamment son sang précieux qui mouillait caleçons et tunique. Les frères chargés de laver son linge constatèrent à n'en pouvoir douter que le serviteur du Seigneur portait dans son côté comme aux mains et aux pieds l'empreinte réelle de sa ressemblance avec le crucifié.
Saint Bonaventure, Légende mineure