Zéphyrin fut le premier des Pontifes ensevelis dans la crypte célèbre où les Papes du III° siècle vinrent après leurs combats dormir le dernier sommeil. La catacombe qui succédait ainsi au cimetière Vatican dans l'honneur d'abriter les vicaires du Christ avait été inaugurée, trente ans auparavant, par Cécile la vierge martyre : comme sur le point de quitter la vie elle consacrait son palais de Rome en église, du fond de la tombe elle faisait maintenant que sa sépulture de famille passât à l'Eglise maîtresse et mère. La donation funéraire des Cecilii devenait, en face de l'Etat païen, le commencement de la propriété collective ecclésiastique, officiellement reconnue du pouvoir ; Zéphyrin confia l'administration du nouveau cimetière au premier personnage après lui de l'Eglise romaine, l'archidiacre Calliste. Le saint Pontife vit s'accentuer de son temps la lutte de l'hérésie touchant l'unité de Dieu et la trinité des divines personnes ; sans le secours d'un vocabulaire qui ne vint que plus tard fixer jusque dans les mots l'exposition théologique, il sut tenir à égale distance les Sabelliens pour qui la Trinité n'était qu'un nom, et les précurseurs d'Arius qui se vengèrent en déversant sur lui l'outrage.
Dom Guéranger