Jean Glavany est secrétaire national du PS à la laïcité, président de l’Université permanente de la laïcité (organisme du PS), et sur son site internet il proclame : « La laïcité, mon engagement ». En 2005, il avait fait une conférence au Grand Orient sur la loi de 1905.
Au cours de la séance de questions au gouvernement, il est revenu à la charge sur la question de la laïcité selon Nicolas Sarkozy, demandant, au terme d’un long exposé, s’il fallait être croyant pour être représenté par le Président de la République et quel était le sens de l'expression "laïcité positive".
C’est Michèle Alliot-Marie qui lui a répondu. En parfait perroquet du Président, elle a déclaré : « La laïcité est une grande et belle valeur de la République, (...) mais nous divergeons sur le sens que nous lui donnons, nous souhaitons reconnaître le rôle de la spiritualité, de toutes les spiritualités, sous toutes leurs formes; les Français y sont très attachés. Nous voulons aider toutes les spiritualités à s'exprimer, y compris celles fondées sur l'athéisme. Au contraire, la laïcité négative, c'est une attitude sectaire, fermée à toutes les spiritualités qui donnent leur sens à la grandeur de notre pays », et elle visait là Jean Glavany.
Ce qui n’est pas tout à fait vrai : « Aujourd’hui, être un bon laïque, c’est encourager la construction de mosquées en France », déclarait-il à La Nouvelle République des Pyrénées le 21 décembre 2005. Ce qui le rapproche singulièrement de Nicolas Sarkozy, même si le dessein est tout autre (pour ce qui concerne Glavany, défendre la laïcité commande de favoriser tout ce qui peut détruire le christianisme).