Dès son vivant, Nicolas de Tolentino fut célèbre pour ses miracles, d'où les tableaux le représentant ressuscitant un enfant, ou... les perdreaux rôtis qu'on lui avait servis après une maladie. (Il y a aussi des tableaux le montrant avec le chœur des anges, car dans les derniers temps de sa vie terrestre les anges venaient chanter dans sa cellule chaque nuit.) Après sa mort, sa réputation de thaumaturge ne fit que grandir, vu le nombre de miracles attribués à son intercession.
Mais, pour le pape Sixte Quint, rapporte dom Guéranger, son plus grand miracle fut le retour du pape à Rome et de la paix dans la Ville.