Fils de meuniers castillans, on l’envoya étudier à l’université d’Alcala, où il fut nommé professeur dès qu’il eut terminé ses études. Puis il devient professeur à l’université de Salamanque. Mais bientôt il se fit ermite de saint Augustin, et il devint provincial de l’ordre. Charles Quint, qui lui avait donné le titre de chapelain royal, voulut le faire archevêque de Grenade, mais il refusa. Il fut ensuite contraint d’accepter l’archevêché de Valence. Surnommé “l’aumônier” en raison de ses œuvres de charité (et béatifié par Paul V sous le nom de “bienheureux Thomas l’Aumônier”), il dépensait tous ses revenus pour les pauvres, au point qu’il mourut sur un lit que lui prêta celui à qui il l’avait donné. Convoqué au Concile de Trente, il ne put s’y rendre à cause de sa santé ; mais il invita les évêques de sa province à se réunir auprès de lui et leur remit ses travaux après en avoir discuté avec eux. Il eut ainsi sur le concile une grand influence. Par ses écrits ascétiques et mystiques, il est l’un des grands représentants de l’Ecole spirituelle espagnole du XVIe siècle.
Il a été canonisé par le pape Alexandre VII, le 1er novembre 1658. À cette occasion l’église paroissiale de Castel Gandolfo a été restaurée et lui a été dédiée.